亚临床未被彻底去除是造成尖锐湿疣复发的重要因素之一。有学者发现尖锐湿疣自发性消退或经治疗去除疣体后仍有45％的患者存在HPV潜伏感染，其中67％的患者表现复发。这表明HPV未被机体彻底清除，残留的尖锐湿疣病变或潜伏HPV感染是尖锐湿疣复发的主要原因。作者认为在尖锐湿疣治疗过程中每一种外用疗法只要仔细操作，尤其是掌握达到彻底去除HPV感染的组织范围和深度则会大大减少尖锐湿疣复发。但在临床治疗过程中并非都能做到这一点，这与操作者技术水平或患者对尖锐湿疣病变了解的程度有密切的关系。
总之，亚临床未被去除是引起复发的最根本的原因，因此治疗亚临床不可忽视。此外，亚临床由于环境因素，通常无法进行直接治疗，因此只去除临床症状，很容易复发。