治疗可见疣的主要目的是去除疣。对于绝大多数病人来说，治疗有一个促使疣脱落的阶段。假如不治疗，可见的疣体可能自己消失，或者不发生变化或者在尺寸或者数量上增长。判断治疗是否能减少传染性是很困难的，因为还没有一个判断传染性的实验室标准，同时也因为临床研究经过治疗的生殖器HPV DNA的顽固性上出来了不同的结果。现有的数据表明，当前的治疗生殖器疣的方法能减少，但可能不能根除传染性。通过治疗减少病毒DNA是否会对将来的传染性有影响目前仍然不清楚。没有证据表明生殖器疣或者与之相关的治疗与宫劲癌的发展有关系。
方法：
治疗生殖器疣应与病人的个人情况，现有的资源和医护方的经验相适应。没有确定的证据表明现有的任何一种方法优于其它方法的，没有一种方法是对所有的病人或所有的疣都是理想的。使用本地开发能提高临床效果的方法都应该鼓励。由于在治疗未来的传染性方面存在不确定性以及疣可能会自我消失，对一些病人来说，可以采用前卫的方法然后等待疣的自我消失。
绝大多数的病人少于10个疣和一般介于0.5至1.0平方厘米的面积。绝大多数的治疗方法对这些疣都有效果。决定选择哪种方法的因素包括，疣的尺寸，疣的数目，疣的位置，疣的形态，病人的偏爱，治疗的成本，方便与否，副作用和医疗人员的经验。许多病人需要一个治疗的方法而不仅仅是一个治疗。通常来说局部治疗对在湿润位置上的和/或者在三角区域上的疣的效果要比在干燥表面上的疣效果要好。
假如经过3次处方治疗，病人的情况没有充分改善或者经过6次治疗，疣体没有完全清除，治疗的方法就要改变了。一种方法的风险与收益的比率要通过治疗来评价以避免过度治疗。病人自用的方法和处方方法都要有。医护人员至少要理解和提供一种客人自用方法和处方方法。正确的治疗很少会导致并发症。病人就被告知采用腐蚀性的方法通常会有永久性的色素。凹陷或者超营养化的疤痕一般不会有但有可能会有，尤其在病人在两次治疗之间没有充分的时间去完成。